ε-聚赖氨酸为淡黄色粉末、吸湿性强，略有苦味，溶于水，微溶于乙醇，但不溶于乙酸乙酯、乙醚等有机溶剂。ε- PL遇酸性多糖类、盐酸盐类、磷酸盐类、铜离子等可因结合而使活性降低，与盐酸、柠檬酸、苹果酸、甘氨酸和高级脂肪甘油酯等合用有增效作用。ε-PL的等电点为9.04，最适pH为5~8。ε- PL的热稳定性非常好，其水溶液在高温(121°C)情况下不分解、不失活  。

ε-PL是赖氨酸的直链状聚合物。它不受pH值影响，对热稳定(120℃，20min)，能抑制耐热菌，故加入后可热处理。但遇酸性多糖类、盐酸盐类、磷酸盐类、铜离子等可能因结合而使活性降低。