红曲色素是多种色素的混合物，主要有红色系和黄色系2大类，这些色素都是聚酮类化合物。

经元素定性、紫外线、红外线和可见光吸收光谱分析以及核磁共振谱分析，结果认为红曲色素是由化学结构不同、性质相近的红、橙、黄3类色素组成，已知结构的有10种。应用价值主要集中在6种醇溶性的色素：红色的红斑红曲胺、红曲玉红胺、橙色的红斑红曲素、红曲玉红素，黄色的安卡红曲黄素、红曲素。红曲色素中的黄色成分约占5%，其性质比较稳定，但因其含量低，所以红曲色素呈现红色。