1 在肉制品中的应用

由于红曲色素具有良好的着色性能和较强的抑菌作用，可替代亚硝酸盐作为肉制品着色剂，已广泛地应用于肉制品中。红曲色素与亚硝酸盐的着色原理完全不同：亚硝酸盐是与肌红蛋白形成亚硝基肌红蛋白，而红曲色素是直接染色。两者都能赋予肉制品特有的。肉红色。和风味，抑制有害微生物的生长，延长保存期，但红曲色素的应用安全性更高。在腌制类产品中添加红曲色素后，完全可以将亚硝酸盐量减少60%，而其感官特性和可贮性不受影响，颜色稳定性也远优于原产品。

2 在调味品中的应用

糖化增香曲（酱油专用）就是以红曲为出发菌种而制得的复合红曲菌种，在酱油酿造中使用糖化增香曲，可使原料全氮利用率和酱油出品率，同时酱油鲜艳红润、清香明显、鲜而后甜，质量优于普通工艺酱油。

将红曲色素粉直接加入到酱醅中参与发酵，研究发现了酱油的红色指数，改善了酱油的风味。