红曲色素呈深紫红色粉末，略带异臭，熔点为165~192℃。红曲色素中的脂溶性色素均能溶于乙醚、氯仿、乙醇、醋酸、正己烷等溶剂中，其溶解度以醋酸，正己烷最低。常用的溶剂是乙醇和醋酸，乙醇浓度为75%~82%，醋酸浓度78%时对红曲色素的溶解性。红曲色素在水中的溶解度与水溶液的PH值有关。在中性或碱性条件下极易溶解，而在pH4.0 以下的酸性范围内或含5%以上盐溶液中，其溶解度呈减弱倾向。红曲色素含量低时其溶液呈鲜红色，含量高时呈带黑褐色并伴有荧光产生。对蛋白质的着色性能极好，一旦染着，虽经水洗，亦不掉色。