植物色素的着色色调比较自然，既可增加色调，又与天然色泽相近，是一种自然的美植物色素在植物体中含量较少，分离纯化较为困难，其中有的共存物存在时还可能产生异味，因此生产成本较合成色素高。

大部分植物色素对光、热、氧、微生物和金属离子及值变化敏感，稳定性较差；使用中一部分植物色素须添加氧化剂、稳定剂方可提高商品的使用周期。

大部分植物色素染着力较差，染着不易均匀，不具有合成色素的鲜丽明亮。

植物色素种类繁多，性质复杂，就一种植物色素而言，应用时专用性较强，应用范围有一定的局限性。