食品加工中直接着色不多，主要用于与天然的黄色素如栀子黄色素、红花黄色素等配伍，调配出不同色泽的绿色素，与提取的叶绿素相比，用栀子蓝色素调配的绿色素色调可以控制、耐酸性好，可用于偏酸性的食品、饮料中。另外栀子蓝色素还可与各种天然的红色素配伍，调配出不同色调的紫色。因此栀子蓝色素在食品加工中有较广阔的应用范围。

栀子蓝色素广泛用于硬糖、果胶、琼脂、布丁、马希马洛糖、饼干、松蛋糕、蛋糕预制粉、稀奶油、冰淇淋、乳制品、蔬菜、青豆等罐头、饮料、果汁等的着色，为蓝色着色剂。