低聚糖分离纯化的方法主要有活性炭柱层析法，酵母发酵法和凝胶柱层析法等。酵母发酵法需先筛选出合适的酵母菌种且要求样品组分相对简单。凝胶柱层析分离效果很好，速度快，但所用凝胶成本很高，且上样量受到很大的限制。相比较而言，活性炭柱层析具有成本低，分离效果好，上样量大，还同时有脱色脱盐的效果，非常适合制备单一低聚糖产品。  

低聚甘露糖的生产方法主要包括从天然原料中提取、化学降解及生物降解。前两种方法的后期处理较为复杂，且借助酸碱水解的化学法成本高且对环境的污染大。生物降解的过程无毒且安全，反应条件温和，能耗低，节约资源且保护环境，是生产MOS 的方法。而酶法生产低聚甘露糖主要受制于所用的关键酶的催化效率较低、酶的生产和使用成本较高，以及底物黏度过大难以实现高浓度的生产。因此，若要实现酶法制备低聚甘露糖的工业化生产，必须在水解KGM 的关键酶的研究方面取得突破性进展。