低聚果糖是存在于人们经常食用的上千种天然植物中，如存在于香蕉、黑麦、大蒜、牛蒡、芦笋根茎、小麦、洋葱、马铃薯、雪莲果、菊芋、蜂蜜等中。美国国家环境测试局（NET）评估了低聚果糖在食物中的含量，测试的部分结果是：香蕉0.3%、大蒜0.6%、蜂蜜0.75%、黑麦0.5%。牛蒡中含3. 6%、洋葱中含2.8%、大蒜中含1%、黑麦中含0.7%，雪莲果中果寡糖含量为干物质的60%-70%，菊芋块茎中含量最为丰富，占块茎干重的70%-80%。