有的酶仅仅由蛋白质组成，如核糖核酸酶。有的酶，则除了蛋白质外，还有一些金属离子或小分子参与。这些金属离子或小分子是酶活性所的，称为辅酶/辅基或辅助因子。在所有已发现的蛋白质中，有三分之一以上需要辅助因子。这些需要金属的酶又可以分为两类：金属活化酶和金属酶。除了金属离子外，有些酶中还存在非金属微量元素，如谷胱甘肽过氧化物酶中含有硒，能有效。金属蛋白和金属酶的生物功能主要包括：结构支持、双氧结合、存储和转运金属离子、电子转移分子识别和催化、信号转导、基因表达调控等等。