螺旋藻的藻丝体长200-500μm，宽5-10μm，在显微镜下呈疏松或紧密的有规则的螺旋弯曲状，形如钟表发条而得名。蓝藻类细胞无色素体，色素分布在原生质体外部的色素区，蓝绿色。藻体表面不具胶质鞘，不易被微生物附着，细胞内有气泡，上浮性好。细胞或藻丝顶部常不尖细，横壁常不明显，顶细胞圆形，外壁不增厚。螺旋藻的适宜生长温度一般在28℃-35℃，15℃和40℃分别为其最低和生长温度，而其喜温和耐热品系可在35℃-40℃下培养。