酶法工艺生产的麦芽糊精与酸法工艺生产的麦芽糊精的最大区别在于不会析出长链直链淀粉成分，故不会产生白色沉淀物，从而大大提高了麦芽糊精的商品价值。

酶法麦芽糊精放在水中，下沉很快，落在水底中，并能逐渐往上返，同时渐渐溶解，其溶解度略低于砂糖，但水化力较强。一旦吸收水分后，保持水分的能力较强。这是麦芽糊精的一个重要特性，在使用中常常会利用这一特性。麦芽糊精系列产品均以淀粉为原料，经酶法工艺控制水解转化而成。淀粉是由许多葡萄糖分子聚合而成的碳水化合物；它的分子结构中大部分是以。α-(1,4)键连接，少量是以α-(1,6)键连接。利用耐高温α-淀粉酶对淀粉的催化水解具有高度的专一性，即只能按照一定的方式水解一定种类和一定部位的葡萄糖苷键的特别性能，仅水解淀粉，不分解蛋白质、纤维素等。所以麦芽糊精是以玉米、大米等为原料，经酶法控制水解液化、脱色、过滤、离子交换、真空浓缩及喷雾干燥而成。其视密度在0.5g/cm3以下，遇水易分散溶解。