n-3脂肪酸的氧化供能，主要是在过氧化物酶体和线粒体中通过β-氧化进行。DHA在大鼠肝中的代谢不能在线粒体内进行β-氧化，而是通过被过氧化物酶体氧化。人类皮肤表皮细胞对不饱和脂肪酸（PUFAs）的代谢表现出很高的活性，皮肤表皮15-脂氧合酶的活性非常高，可将2-高-γ-亚麻酸（DGLA）转化为15-羟基二十碳三烯酸，将EPA转化为15-羟基二十碳五烯酸，将DHA转化为15-羟基二十碳六烯酸。

DHA被哺乳动物吸收后，绝大部分被结合在甘油三酯。DHA是哺乳动物和鱼类生物膜的重要组成部分和一些激素的主要前体，DHA并不是作为机体的主要能量来源，只是在特殊情况下，如饥饿时其他脂肪酸被大量利用后，DHA才可能会被氧化分解。