虽然果胶被发现近200年，但目前对于其组成和结构并没有弄清楚。果胶结构非常难解析的原因在于其结构和组成随着植物的种类、储藏期和加工工艺的不同而不同。此外，果胶中还存在一些杂质。根据果胶分子主链和支链结构的不同，将其分为4类：同型半乳糖醛酸聚糖（Homogalacturonan，HG）、鼠李半乳糖醛酸聚糖 I（Rhamngalacturonan I，RGI）、鼠李半乳糖醛酸聚糖II（Rhamngalacturonan II，RGII）和木糖半乳糖醛酸聚糖（Xylogalacturonan，XG）。  

HG是长而连续、平滑的α-1,4糖苷键连接的半乳糖醛酸聚合体，约占果胶的65%，半乳糖醛酸的C6可被甲酯化或酰胺化，在一些植物中，C2或C3可被乙酰化。 也有研究发现HG中半乳糖醛酸残基的O-3或O-4被木糖取代，形成XG。