β一甘露聚糖酶是水解1，4－β－D一吡喃甘露糖为主链的内切水解酶，作用底物主要是半乳甘露聚糖、葡萄甘露聚糖、半乳葡萄甘露聚糖以及甘露聚糖。不同来源的β一甘露聚糖酶对不同来源的底物作用深度及其水解产物是不相同的。β一甘露聚糖酶水解底物的方式和深度主要与α一半乳糖残基和葡萄糖残基在主链中的位置、含量、酯酰化的程度有关。底物本身的物理状态也会影响酶对底物的作用，如结晶状态的甘露聚糖不易被降解。甘露聚糖经β一甘露聚糖酶作用后，通过HPLC或纸层析方法分析，主要产物是低聚糖（一般2～10个残基），产物聚合度的大小与酶和底物的来源有关，但相对来说产生单糖（甘露糖）很少或根本不产生。