β-半乳糖苷酶主要来源于动物、植物、微生物。如细菌中的乳酸菌、环状芽孢杆菌、大肠杆菌、嗜热链球菌、产气肠细菌等；霉菌中的米曲霉、黑曲霉、琉球曲霉、黄青霉、炭色曲霉等；酵母中的脆壁克鲁维酵母、乳酸克鲁维酵母、热带假丝酵母等；放线菌中的天蓝色链霉菌等均产β-半乳糖昔酶。由于微生物的快速生长和高效代谢的生物学特性，仅来源于微生物的β-半乳糖苷酶有工业应用价值；商业用酶源一般认为酵母最为安全，其次为黑曲霉。目前，由于β-半乳糖苷酶转糖苷活力不高，乳果糖转化率较低，限制了生物法在乳果糖制备上的应用。国内外一些学者对此作了一些研究，目的就是尽可能筛选出β-半乳糖苷酶转糖苷活力较高的微生物菌株。采用基因修改耐热型乳糖酶，以乳糖和果糖为底物，在80℃反应6h产生了50mg/mL的乳果糖。由于酶法制备乳果糖可以克服化学法所产生大量的有色副产物难以分离，分离这些副产物的成本较高并在分离的过程中使乳果糖降解等缺点，具有很强的理论和现实意义，这是今后乳果糖制备的一个重要发展方向。