酶法是生物法生产乳果糖主要方法，所采用的酶主要是β-半乳糖苷酶，其原理就是通过β-半乳糖苷酶的水解活力将乳糖水解成半乳糖和葡萄糖，通过β-半乳糖苷酶的转糖基活力将半乳糖转移给果糖受体生成乳果糖。β-半乳糖苷酶，全名为β-D-半乳糖苷半乳糖水解酶，该酶除具有较高的水解乳糖活力外，还要有较高的把半乳糖转移给果糖受体的转糖苷活力。早期的研究表明，β-半乳糖苷酶上的活性位点有两个功能团：Cys的巯基和His的咪唑基，它们对β-半乳糖苷酶水解乳糖起重要作用。据推测，硫基可作为广义酸使半乳糖苷的氧原子质子化，而咪唑基可作为亲核试剂进攻半乳糖分子个碳原子上的亲核中心，形成1个含碳氢键的共价中间物。在被切割下咪唑基之后，巯基阴离子从水分子中抽取1个质子，从而形成-OH进攻C。