紫草红色素在双氧水中不是很稳定，易被双氧水氧化。另外在抗坏血酸条件下，能使紫草红色素被分解，并且随着抗坏血酸浓度的增加分解速度加快。pH值和温度对色素的稳定性影响也较大，随着温度的升高色素溶液颜色增加。在 80℃，pH为9时，溶液呈黑紫色，但是在20～60℃范围内吸光度值大小变化较少，说明色素在20～60℃对热的稳定性较好，可以在室温环境下放置。离子实验表明，加Fe3+使溶液颜色变深，对色素影响较大，而K+、Mg2+、Zn2+、Na+、Mn2+、Ba2+等离子对紫草色素影响不明显。总体来看，大多数离子对紫草红色素的稳定性影响较小。