嫩果经泡制凉干后即是传统中药吴茱萸，简称吴萸，是苦味剂和剂，又作驱药。吴茱萸是古老的传统中药植物。其果早于西汉时已作药用，长沙市马王堆软侯古墓出土之《五十二病方》中记载用吴萸治??病一起，治疽病二起（三者均与椒合用）。按原文所治之，所用之药显系与今所称之吴茱萸为同物。  

经典中药之吴茱萸是采收其嫩果，用盐水漂洗或以醋炒，干后入药。或有用蜜炙甘草炮制。晋、唐以下各家本草如《神农本草》《新修本草》《大观本草》《证类本草》《政和本草》以至《齐民要术》等均有载录。其药效与用治经李时珍保留并发挥了陶弘景《名医别录》中的叙述，在他的《本草纲目》中有详叙。